Mah, la macro non mi sembra che possa essere influenzata da altri file aperti; controlla con Taskmanager di Windows se per caso hai poca memoria libera.
Comunque per evitare equivoci ti suggerisco di sostituire tutti i vari Workbooks("Foglio codifica Nuovo.xlsm") con ThisWorkbook (che e' un riferimento implicito al file che contiene la macro); quindi ad esempio non
Workbooks("Foglio codifica Nuovo.xlsm").Activate ma ThisWorkbook.Activate
Ciao.