Tutto chiaro, in soldoni hai visto giusto sulle componenti varie.
il 2() viene lasciato perche' xp ti ha ripristinato i file ma visto che e' una macchina ignorante (il computer e' una macchina fredda e deficente per persone intelligenti , ricorda sempre) potrebbe essersi sbagliato o ripristinando i file potrebbe averti precluso l'accesso a programmi installati dopo l'ultimo backup.
Se ti accorgi che qualcosa non funge puoi provare (a mano e a carico dell'utente) a cancellare i file senza il 2 e a rinominare quelli col 2.
Se sei sicura che tutto funga a perfezione puoi cancellare i file col 2() e tenerti quelli ripristinati in automatico.
1) non è meglio se mi conservo i file di backup da qualche parte, in modo da poterli ripristinare se qualcosa non va?
Certo, il mio consiglio e' sempre di formattare, installare e configurare tutto in modo ottimale, poi fare un ghost (usando qualcosa tipo norton ghost) in modo da poter rimettere sul pc tutto il sistema operativo(funzionante e già configurato ) in un attimo in caso di bisogno da un bel cd.
Anche perche' windows per filosofia si espande all'infinito (registry,dll,ocx, file in generale) quindi ogni anno o tot mesi conviene fare pulizia del computer (col ghost staresti una pacchia)
2) questi file vengono in qualche modo upgradati o sono sempre uguali?
I file vengono upgradati in modo incrementale, ossia ad ogni backup viene controllata la versione attiva, se e' sempre quella windows non tocca nulla, se e' cambiata rispetto a quella che windows aveva nei suoi file .cab (i primi copiati dal cd dell'installazione la prima volta installato windows) li registra e li salva da parte in modo da utilizzare quelli in caso di ripristino.
Piccola nota personale, non ti spaventare perche' potrei creare solo un falso allarme nei tuoi confronti.
Hai ricevuto spam o mail strane simil hacker ultimamente?
Perche' alcune dll che hai postato erano soggette ad un bug per cui era possibile mandare in esecuzione qualsiasi cosa tramite una mail o una pagina html sul tuo pc.
Forse ti conviene andare sul sito della microsoft e scaricare la patch, cosi' ti aggiorna le dll (al prossimo ripristino ci saranno quelle, contenta??

)con quelle senza il bug e stai piu' sicura.
Ciao