E' vero, scusate, sono stata avara di dettagli!
Il programma in questione è PawNT (analisi di dati scientifici) e funziona
esclusivamente a riga di comando. Ovviamente non mi aspetto che lo conosciate, ma potete fare un parallelismo con GPG.
L'intento era questo: fare degli script per automatizzare le operazioni ripetitive e specificare nella prima riga dello script la home directory del programma, lanciarlo nella seconda e passargli i comandi (come fossero stringhe di comando proprietarie del programma e non del sistema operativo) in tutte le altre.
Dettaglio: quando lancio il programma il prompt cambia in "PAW>" per indicarmi che la shell non è più quella di sistema e che tutti i comandi dovranno essere proprietari.
Grazie ancora e se desiderate ulteriori dettagli chiedete pure