Puoi aprirlo da dove ti pare, basta che sia nel pc!!!

(e nella partizione giusta of course)
Sarà WMP ad accorgersi che il codec è stato installato.
Da qualsiasi posizione tu apri un .exe di installazione, lui fa quello che deve piazzando delle cose là dove devono stare, quello del divX ti piazza i codec dove li cercheranno i lettori (non chiedermi dove perchè non lo so!!)
Comunque per evitare confusioni ti consiglio di copiare sempre su desktop e installare da lì, così nel caso di problemi non devi andare a cercare dove avevi piazzato il file.