Tieni presente che sarà molto difficile rimuovere completamente ogni riferimento ad Internet Explorer.
E' questo il motivo per il quale è stata avviato il procedimento giudiziario contro Microsoft dall'antitrust americana.
Iexplore si integra, fin tanto che è installato con RUN32.DLL, ed ergo diventa davvero duro "pulirlo" (esiste una sintassi che esegue IEXPLORE direttamente dalla shell).
Se vuoi rimuoverlo, cmq, puoi dopo aver installato un Browser alternativo, seguire le indicazioni che trovi QUA:
http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=KB;EN-US;Q293907&
E dovresti risolvere completamente.
Enjoy