Allora i link nel menù di avvio compaiono effettivamente dopo l'aggiornamento del pacchetto MSXML 4.0 da Windows Update.
E' semplicemente l'aggiornamento del parser (=lettore/interprete) di XML di Internet Explorer all'ultima versione.
Strano è il fatto per il quale ti facciano scaricare anche l'SDK (=Kit di sviluppo) che in pratica comprende il solo manuale (tra l'altro molto ben fatto, ammesso che interessi a qualcuno).
Comunque puoi eliminare tranquillamente sia i link del menù avvio che i file del manuale. La libreria aggiornata relativa all'XML non viene toccata così facendo.
ToS, in che senso intendi dire "lasciale lì"? E' ovvio che se rimuovi tutta la libreria del XML 4.0 senza ripristinare la 3.0 non hai più supporto all'XML e quindi tante cosette possono non funzionarti, ma se rimuovi solo link e manuale non vedo come ci possano essere problemi.