è probabile che non hai formattato veramente ma hai fatto una rinstallazione e basta ed ora il SO va in conflitto con varie applicazioni!
a me è capitato + o -così un paio di anni fa proprio col 2000!
prova ad installare l'aggiornamento + attuale però se vedi che non risolvi niente temo che ti tocchi fare una formattazione di basso livello come ho fatto io e poi col cd di installazione rinstalli da zero il 2000!
per il low format scaricati l'utility dal sito produttore del tuo hd (per esempio powrmax se è un Maxtor)
bye!