I percorsi vanno benissimo relativi, il problema è scriverli bene (sia in PHP che non)
Se tu scrivi
../utenti/useronline.php il file viene NON viene cercato nelle sottocartella
utenti! Infatti il doppio punto serve a far tornare il percorso "indietro di un livello di cartella" e poi cercare...
Mi spiego. Facciamo conto che ci sia una cartella principale chiamata "Documenti", con dentro una chiamata "Pagine" che a sua volta ne contiene una "utenti"...
Documenti > Pagine > utenti
Ora immagina che il file principale sia in "Pagine": per dirgli di cercare il suo file PHP nella cartella "utenti" dovrai scrivere
/utenti/useronline.php
Se tu invece scrivi
../utenti/useronline.php i due punti fanno "arretrare di un livello" (e quindi ti ritrovi in "Documenti") e da lì il file comincia a cercare la cartella "utenti", che naturalmente non trova perché l'unica cartella contenuta in Documenti" è "Pagine".
Se invece il file PHP fosse stato contenuto in "Documenti" (e quello principale sempre in "Pagine") sarebbe stato giusto scrivere una cosa tipo
../useronline.php
Mi sono spiegato?
In pratica devi mettere i percorsi esattamente come nel file in cui funzionano